Marcinkonys est l’un des plus grands villages de Lituanie ; au début, c’était un site habité par les éclaireurs forestiers. Les sources historiques le mentionnent depuis l’an 1637. La croissance du village a commencé dans la deuxième moitié du XIXe siècle, après la construction du chemin de fer Varsovie–Saint-Pétersbourg.
