Marcinkonys yra vienas iš didžiausių Lietuvos kaimų, kuriam pradžią davė miško žvalgų gyvenvietė. Istoriniuose šaltiniuose ji minima jau 1637 m. Ši gyvenvietė išaugo antroje XIX a. pusėje, nutiesus Varšuvos-Sankt Peterburgo geležinkelį.
