Merkinės piliakalnyje stovėjo viena svarbiausių Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės pilių, pastatyta ant aukšto (iš pietų ir rytų pusės – apie 30 m aukščio) stačiašlaičio piliakalnio, kuri greičiausiai pastatyta XIII a. antrojoje pusėje, XIV a. – XV a. pr. tapo svarbiausiu panemunės kariniu – strateginiu centru kovose su kryžiuočiais.
